So lief das bei mir ab:
1) Das Klacken war ab Auslieferung des Neuwagens vorhanden
2) Das Klacken war immer gleich stark spürbar und jederzeit nachvollziehbar - hatte nichts mit der Schaltung zu tun, sondern kam alleine beim Drücken des Kupplungspedals vor - dann aber immer und immer gleich.
3) BMW hat das wirklich professionell ernst genommen. Nachdem die Werkstatt zuerst den Geberzylinder erfolglos gewechselt hatte, kam ein Termin mit dem Serviceleiter von BMW und einem Vertreter des Kupplungsherstellers zustande. Alle konnten das Klacken nachvollziehen und sagten zu, alles zu tun, bis das Klacken weg ist. Es wurde folgendes Vorgehen vereinbart: Austausch des kompletten Pedalwerks. Sollte das nicht reichen, Austausch der Kupplungsleitung und zuletzt ggf. das Getriebe.
4) Es erfolgte der Austausch des Pedalwerks. Danach war das Klacken deutlich reduziert. Ich habe dann mit der Hand an den Übergang der Kupplungsleitung in den Geberzylinder gegriffen und gemeint zu spüren, dass jedesmal beim Drücken des Pedals die Leitung etwas herausgedrückt wird und dabei das Klacken gespürt. Beim Versuch zu prüfen, ob die Leitung sich bewegen lässt, hatte ich das Gefühl, dass beim Wackeln daran irgendetwas eingerastet ist. Seitdem (Sommer 2017) ist die Kupplung ein Traum und nicht mehr das Geringste zu spüren. Ein weiteres Vorgehen war nicht mehr erforderlich. Meine Vermutung deshalb, dass die Verbindung Geberzylinder / Kupplungsleitung das Problem war.
5) Anmerkung: Der 2er BMW hatte 2017 dasselbe Kupplungspedalsystem und auch dort kam das Problem vor. Im Beisein des Serviceleiters und Kupplungsproduzenten haben wir das Klacken bei einem Vorführwagen ebenfalls vorgefunden.