Ich würde den Works mal an einen Getriebeinstandsetzer übergeben. Der kann die Fehler aus dem GSG auslesen und im Besten Fall feststellen, wo das Problem bei deinem Getriebe liegt. Vlt. hilft auch eine Getriebespülung.
Bei den Aisin-Wandlern im Works sind leider keine Serviceintervalle für eine Getriebeölwechsel/-Spülung definiert - spätestens alle 60000 ist sowas durchzuführen. Sollte der Mini eine Softwareoptimierung erfahren haben, ist auf jeden Fall eine Getriebeadaption durchzuführen.